Edgar investigó a ciudadanos que no eran comunistas y que no habían infringido ninguna ley. 
Preocupado al leer artículos que, a su juicio, «desacreditaban grave e injustamente nuestro sistema de vida americano», ordenaría un estudio del FBI con el objeto de buscar «factores subversivos» en los antecedentes de destacados escritores y periodistas. Entre un centenar de personas escogidas al azar, los agentes señalaron los «factores pertinentes» que podían explicar la forma en que escribían cuarenta de ellos. Los informes fueron convertidos en memorando ciegos, sin número, cuya relación con el FBI no podía detectarse, para que Edgar los hiciera circular «de forma extraoficial y confidencial».
A lo largo de los años, entre los blancos literarios de Edgar se contarían los escritores más respetados de Norteamérica. Algunos de ellos, como Dorothy Parker, Dashiell Hammett y la dramatur-ga Lillian 
 Hellman, estaban realmente relacionadas con causas marxistas. El FBI se dedicó a seguirlos y vigilarlos y también les abría la correspondencia. Al morir Hammett -veterano de las dos guerras mundiales— el FBI maquinó para que no fuese enterrado en el cementerio de Arlington. 
Muchos otros escritores famosos no tenían relación con el marxismo, pero también fueron investigados. Hay un expediente de cuatrocientas páginas sobre Pearl Buck, novelista galardonada con el Nobel. Huelga decir que los agentes le abrían la correspondencia, aunque lo más subversivo que hizo fue escribir sobre el racismo y afiliarse a la ACLU.
Ahora sabemos que Edgar tenía fichados a Thomas Mann, otro premio Nobel, Erskine Caldwell, 
Sinclair Lewis, William Saroyan y Cari Sandburg. El FBI calificó a Ernest Hemingway de «izquierdista» y «farsante» y también abrió expediente a su esposa Mary. Informó sobre John Steinbeck, que alarmó al FBI porque en sus libros «retrataba una cara extremadamente sórdida y 
asolada por la pobreza de la vida americana», así como sobre Irwin Shaw, Aldous Huxley, John O'Hara, Arthur Miller, Tennessee Williams y Truman Capote. A Rex Stout, creador del investigador privado Ñero Wolfe, lo consideraba «bajo influencia comunista», y hasta había un expediente dedicado a E. B. White, autor del clásico infantil Charlotte 's Web.
También había expedientes sobre pintores y escultores, entre ellos Georgia O'Keefe y Henry Moore, incluso Picasso, que jamás puso los pies en los Estados Unidos. Grandes científicos fueron igualmente blanco del FBI. Edgar consideró que el doctor Joñas Salk, descubridor de la vacuna 
contra la poliomielitis, era lo bastante sospechoso como para merecer una carta de advertencia de 
cuatro páginas dirigida a la Casa Blanca, porque Salk era miembro de la Sociedad Médica Americano- Soviética. La carta decía que Salk estaba «muy a la izquierda del centro» y tenía un hermano en el Partido Comunista.
Edgar había empezado a reunir información sobre Albert Einstein en 1940, porque asistía a mítines pacifistas al lado de comunistas, y porque había apoyado la causa republicana en España. Después de la guerra, cuando el físico se dio cuenta de que lo vigilaban, sufrió una profunda desilusión. «Vine a Norteamérica», dijo en 1947, «a causa de la gran libertad que oí decir que existía en este país. Me equivoqué al escoger a Norteamérica como tierra de libertad, una equivocación que no puedo reparar en lo que me queda de vida.» Al morir Einstein, el expediente del FBI dedicado a él tenía ya miles de páginas. No hay en ellas ninguna prueba de que alguna vez fuese desleal.